Việc chuyển đổi mô hình nuôi hàu từ giá thể gỗ sang lốp xe của người dân Đầm Lập An đã để lại nhiều ảnh hưởng đến cảnh quan và môi trường tại khu vực này. Theo nghiên cứu của Viện Tài nguyên Môi trường và Công nghệ sinh học (Đại học Huế), "việc ngâm lốp xe cao su đã qua sử dụng lâu ngày trong nước sẽ gây ô nhiễm nguồn nước nghiêm trọng; khí độc, độ đục của nước cũng tăng lên và gây suy thoái thủy vực".[36] Bên cạnh đó còn có nhiều lo ngại cho rằng hàu được nuôi bằng lốp xe có thể gây ung thư cho người ăn.[37] Tuy nhiên, kết luận của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Thừa Thiên Huế đã xác định chất lượng hàu ở Đầm Lập An "bảo đảm an toàn thực phẩm".[38] Theo quy hoạch của nhà chức trách tỉnh Thừa Thiên Huế, họ sẽ giảm diện tích nuôi hàu ở Đầm Lập An xuống còn 100 ha, đồng thời chuyển đổi từ mô hình nuôi hàu bằng lốp xe sang nuôi hàu bằng bè tre âm mặt nước. Tuy nhiên, công tác giải tỏa còn chậm vì nhiều lý do.[39][40] Hoạt động nung vôi hàu, từng là kế sinh nhai của người dân Đầm Lập An cũng gây ô nhiễm môi trường và làm tuyệt diệt nhiều loài sinh vật. Dù bị chính quyền Thừa Thiên Huế cấm từ năm 2005 nhưng vấn nạn này chỉ chấm dứt vào năm 2013.[31][41] Ngoài ra, còn có tình trạng nhiều công trình bê tông mọc lên, đe dọa môi trường sống của các loài thủy sinh trong đầm, đi kèm vấn nạn ô nhiễm môi trường do rác thải của khách du lịch.[42] Quá trình bồi lắng tự nhiên xen kẽ với tác động của con người khiến đầm bị bồi lắng, làm cho việc trao đổi nước giữa đầm và biển giảm sút, gây ảnh hưởng đến các hoạt động kinh tế, xã hội, ô nhiễm môi trường và hủy hoại hệ sinh thái tự nhiên.[43][44]

Theo khảo sát của các nhà khoa học đến từ Phân Viện Hải dương học có trụ sở tại Hải Phòng, từ năm 1995 đến 2004, diện tích phân bố của cỏ biển tại Đầm Lập An đã giảm 50% trong vòng 10 năm (từ 250 ha xuống còn 120 ha).[45] Thảm thực vật ngập mặn phân bố quanh đầm, từng là hệ sinh thái với hệ động thực vật phong phú nay cũng đang giảm sút nghiêm trọng do các hoạt động kinh tế, xã hội của con người. Theo nhà nghiên cứu Phạm Ngọc Dũng, tổng diện tích thực vật ngập mặn bị mất đi từ năm 1975 đến nay là hơn 65 ha.[46]

Một nghiên cứu tiến hành năm 2020 của nhóm các nhà nghiên cứu đến từ Trường Đại học Nông Lâm, Đại học Huế đã cho thấy ảnh hưởng của các loài địch hại đến nghề nuôi hàu của cư dân Đầm Lập An, làm giảm năng suất, chất lượng hàu. Cụ thể, địch hại gồm 4 nhóm, bao gồm 2 loài thuộc họ Vẹm, sun (Balanus sp.), giun nhiều tơ (Polydora sp.); và một số loài ăn thịt (tôm sú, cua xanh, cá dìa. Hình thức gây hại của các loài này là kí sinh bên trong lẫn bên ngoài vỏ, chiếm giá thể, nơi sinh sống của hàu và phá vỡ vỏ hàu để ăn thịt.[47]

Ngoài vấn đề môi sinh, Đầm Lập An cũng nảy sinh nhiều vấn đề xã hội, đặc biệt là vấn nạn lấn đất xây dựng công trình, dựng nhà ở trái phép.[48] Bên cạnh đó, sau khi đề án quy hoạch khu khu du lịch Lăng Cô – Cảnh Dương của Chính phủ có hiệu lực, các tuyến đường đông và tây Đầm Lập An được chỉnh trang và khởi công xây dựng vào năm 2019.[49] Tuy nhiên, đến cuối năm 2020, đầu năm 2021, các tuyến đường này lần lượt xuống cấp, hư hỏng nặng do bão số 13, bất chấp cơn bão này không trực tiếp đổ bộ vào Thừa Thiên Huế.[50][51][52]